Berawal dari kenyataan bahwa umat Islam Indonesia pasca kemerdekaan masih sangat tertinggal di bidang pendidikan dimana sistem pendidikan yang dipakai umumnya hanya menekankan pendalaman “ibadah-ibadah khusus” tanpa diimbangi dengan pendidikan praktis yang diperlukan dalam kegiatan hidup bermasyarakat.
Sekolah Rakyat Islam Al Falah dan Sekolah Menengah Islam yang didirikan Pelajar Islam Indonesia (PII) dilebur oleh para pendiri menjadi Sekolah Dasar Badan Wakaf dan Sekolah Menengah Pertama Badan Wakaf, peristiwa ini menjadi cikal bakal berdirinya YBWSA karena para pendiri sekolah akhirnya membentuk wadah guna mengelola sekolah yang sudah dilebur. Terbentuklah Yayasan Badan Wakaf (YBW) tepat pada hari Senin, tanggal 16 Syawal 1369 H bertepatan dengan 31 Juli 1950 M.
Lembaga wakaf terkemuka dalam melaksanakan dakwah Islam membangun Generasi Khaira Ummah, melalui bidang pendidikan dan pelayanan kesehatan untuk membangun peradaban Islam menuju masyarakat sejahtera yang dirahmati Allah SWT dalam kerangka rahmatan lil’ālamīn.
Ibadah Rutin Untuk meningkatkan Iman Dan Taqwa
Yayasan Badan Wakaf Sultan Agung adalah lembaga sosial nirlaba yang menjalankan dakwah Islam melalui Pendidikan dan Pelayanan Kesehatan.